Godło (logo) SAJ przedstawia stylizowaną kotwicę patentową, będącą symbolem pewności, bezpieczeństwa i nadziei oraz wolności zależącej od tego, kto może ją podnieść i wyruszyć w rejs. W kotwicę wpisano literę A – jak armator, co podkreśla pierwotną ideę Stowarzyszenia, nie tylko pierwszego niezależnego stowarzyszenia żeglarskiego w IIIRP ale i pierwszego stowarzyszenia prywatnych armatorów.
Godło zostało opracowane w 1991 roku przez pomysłodawcę Stowarzyszenia, jego Prezesa Honorowego, Jerzego „Don Jorge” Kulińskiego. Stanowi element tradycji SAJ.
Proporczyk Stowarzyszenia, w 2014 roku przyjęty jednogłośną uchwałą Rady Armatorskiej to wydłużony trójkąt o proporcjach 2,5:1. Według projektu Jerzego Kulińskiego, na niebieskim tle, symbolizującym wody Bałtyku zawiera biało-czerwony pas, nawiązujący do bandery polskiej oraz godło SAJ. Za zgodą Autora Rada Armatorska w 2022 roku skorygowała odcień koloru niebieskiego na jaśniejszy (jak na obrazku poniżej).
