Organem reprezentującym SAJ na prawach zarządu jest Rada Armatorska. Aktualny skład Rady: Maciej Horeczy – Prezes Andrzej Różycki – Wiceprezes Grzegorz Rompa – Skarbnik Piotr Kubczak Justyna Pupka Lipińska Jerzy Makieła Włodzimierz Ring Jan Waloch
