Organem reprezentującym SAJ na prawach zarządu jest Rada Armatorska.

Aktualny skład Rady:

Maciej Horeczy – Prezes

Włodzimierz Ring – Wiceprezes

Jan Waloch – Skarbnik

Jerzy Makieła

Jaromir Rowiński

Andrzej Różycki

Piotr Kubczak

Jerzy Najda